Staronová tradice
Krátce po listopadové revoluci, začátkem roku 1990, univerzita iniciovala změnu svého názvu Univerzita Jana Evangelisty Purkyně na Masarykova univerzita. Tento akt byl všeobecně chápaný jako návrat, či obnovení původního stavu. V případě pamětních medailí však restituce původního stavu možná nebyla, neboť tradice udělování medailí je spojena teprve s érou univerzity nesoucí jméno přírodovědce Purkyněho. A tato tradice popřena nebyla. V duchu zavedených purkyňovských medailí byla v letech 1990-1991 formulována ztvárnění a posléze i zadány ražby nových medailí s portrétem T. G. Masaryka. Tvorbou nových pamětních medailí Masarykovy univerzity byl pověřen Jiří Harcuba (1928-2013), významný sklářský výtvarník a medailér, v době práce na medailích působící jako rektor Vysoké školy uměleckoprůmyslové v Praze. Zadání, jež obdržel, bylo vytvořit avers s portrétem a latinským názvem univerzity a revers s logem MU a heslem „Scientia est potentia“. A tak nejen heslo, nýbrž celkové pojetí nových medailí vyšlo z tradice svých předchůdkyň - medailí purkyňovských. Stejně jako tyto, mají i ony tři provedení – zlatou, stříbrnou a bronzovou verzi udělovanou dle významu oceňovaných, jakož i drobnější upomínkovou variantu, nazývanou opět shodně se svou předchůdkyní jako medaile malá bronzová. Duch tradice tímto nekončí, neboť jednotlivé typy masarykovských medailí odpovídají purkyňovským i svým provedením a to jak použitým materiálem, tak i velikostí – mají v průměru 8 cm, malá bronzová medaile pak 4 cm. Ve ztvárnění aversu masarykovské medaile se sice opět setkáváme s tradičními schématy, však výrazně tvůrčím způsobem uchopenými bravurním tvůrcem Jiřím Harcubou. Avers nese profil T. G. Masaryka, jenž je naznačen pouze v obličejové partii a přechází do písmen textu Univeritas Masarykiana. Patrný, byť drobný, je na této straně medaile rovněž autorův monogram „H“. Vedle hesla Scientia est potentia na reversu medaile radikálně vystupuje logo MU a méně výrazně pak celek doplňuje orlice Země moravské a znak Brna, které univerzitu místně ukotvují. V kompozici reversu je zřetelné jméno autora opisující pravý okraj medaile s letopočtem jejího vzniku.

Velká zlatá medaile
Změnu do čtveřice zavedených pamětních medailí vnesla polovina 90. let, kdy bylo rozhodnuto o tvorbě nového druhu medaile pro obzvláště významné osobnosti politického a společenského života. Nazvána byla „Velká zlatá medaile“. Její provedení je téměř identické s medailí zlatou. Odlišuje  ji ouško s rubínem sloužící k provlečení trikolory - tato medaile se totiž vkládá kolem krku, zatímco ostatní čtyři pamětní medaile jsou předávány v pouzdrech. Kompoziční změnu si u Velké zlaté medaile prodělala reversní strana s heslem Scientia est potentia, nyní zbaveným všech doprovodných symbolů.

Výňatek ze směrnice pro udělování medailí MU z roku 1996:
čl. III   Velká zlatá medaile se uděluje nejvýznamnějším domácím i zahraničním představitelům veřejného života v ocenění jejich zásluh pro demokracii a lidstvo. Návrh předkládá rektor Vědecké radě univerzity ke schválení. Medaili předává rektor slavnostním způsobem obdobným ceremoniálu při udělení čestného doktorátu.
čl. IV   Zlatá medaile se uděluje významným představitelům vědy, kulturního a veřejného života (…)
čl. V   Stříbrná medaile se uděluje předním pracovníkům za významná vědecká díla (…) Bronzová medaile se uděluje předním pracovníkům, kteří dosáhli mimořádných výsledků (…)
čl. VII   Malá bronzová medaile má charakter upomínkového předmětu, který se předává absolventům (…) učitelům, zaměstnancům a dalším pracovníkům mimo školu při slavnostních příležitostech (…)

Kontexty masarykovských medailí
Během prvních dvou let, kdy se univerzita vrátila ke svému  původnímu názvu byly stále udělovány purkyňovské pamětní medaile, protože jiné ještě nebyly k dispozici. Někteří vyznamenaní, např. socialistickým režimem postihovaní spisovatelé Zdeněk Rotrekl, či Josef Škvorecký, tak jménem Masarykovy univerzity obdrželi medaili J. E. Purkyně.
V této době byla rovněž zadána nová ražba medailí podle prvorepublikového rektorského řetězu, jenž vznikl z návrhu sochaře Otakara Španiela (1881-1955). Tyto medaile s portrétem T. G. Masaryka ovšem sloužily jako součást ocenění čestných doktorů MU. Jako vyznamenání, či upomínkový předmět nikdy udělovány nebyly.
Poněkud paradoxně může na medaili T. G. Masaryka působit Purkyňovo heslo Scientia est potentia. Jedná se původně o motto "Věda - to moc!", které Jan Evangelista Purkyně uvedl v úvodu své studie Akademia vydané v roce 1861. Zabývá se v ní vědou a institucemi, jež vědu pěstují. Jakožto výstižný výraz pro revers medaile rektorského řetězu (a pamětních medailí) Univerzity J. E. Purkyně jej vybral znalec Purkyňova díla prof. Vladislav Kruta. Heslo bylo převedeno do latiny a ve spojení se spirálou DNA se od 60. let 20. století stalo jako emblém součástí institucionální vizuality. Objevovalo se na obálkách univerzitních publikací, v seznamech přednášek, či při univerzitních slavnostech. Po změně jména vysoké školy v roce 1990 bylo heslo převzato do zadání tvorby nových masarykovských medailí. V této době však již nebylo chápáno jako Purkyňův výrok - znalost geneze tohoto hesla se patrně vytratila, nýbrž bylo obecně přijímáno a oficiálně uváděno jako heslo univerzitní, tedy i heslo Masarykovy univerzity. I díky této dílčí skutečnosti lze pamětní medaile ve svém celku chápat jako tradiční vyznamenání, jehož historie v současnosti dosahuje poloviny jednoho století.
(Tomáš Zapletal)